公元2035年，人类被12只猴子军研制的一种病毒侵袭，大部分人类都在这场病毒灾难中死亡，只有少数人侥幸逃生，但也只能在阴暗的地下，苟且偷生。 科学家们决定派人穿越时光回到1996年追查12只猴子军的来历。囚徒詹姆斯·科尔(布鲁斯·威利斯 Bruce Willis 饰)被 挑选为志愿者。阴差阳错，科尔回到了1990年，当他向当时的人们描述未来的那场大灾难时，被当作精神病捉了起来并被医生凯瑟琳·雪莉（玛德琳·斯通 Madeleine Stowe 饰）诊断为精神分裂症。科尔在病友杰弗里·戈因斯帮助下逃脱，回到了未来。因为没查清12只猴子军的来历，科尔再次被派回了1996年。 科尔这次发现了12只猴子军的起源地在费城，他找到了医生凯瑟琳，二人一起展开了追查12只猴子军的冒险之旅!

未来就是历史。科尔是卡桑德拉与俄迪浦斯的结合，他能预言未来，却如卡桑德拉般被视为疯子；他想改变未来，却如俄迪浦斯般成为命运的玩偶。对科尔来说，历史便是希腊神话中的命运，挣脱不了的。白纸黑字已经写下，正如影片开头那个诗人所说：你所有的虔诚和智慧都不会使它有一丝挽回，你所有的眼泪都不